全國人大法工委就「港區國安法」草案的說明，引起香港社會關注，其中一個關注點是行政長官指定若干法官審理國安案件的安排。立法會法律界議員郭榮鏗批評，這一安排令人擔心影響香港的司法獨立，又指現時沒有一條法例容許特首決定和委任法官審理某一類案件，令人擔心在「港區國安法」下，司法機關不能獨立處理案件。基本法所設計的香港政治體制中，特首具有超然的地位，不僅法官由特首任命，而且本地的法律中亦已有先例，由特首委任法官審理危害國安案件合憲法法，郭榮鏗枉為法律界代表，誤解法律，作出錯誤的判斷。
全國人大法工委對草案的說明中指出，行政長官應從現任或者符合資格的前任裁判官、區域法院法官、高等法院原訟法庭法官、上訴法庭法官以及終審法院法官中指定若干名法官，也可以從暫委或者特委法官中指定法官，負責處理危害國家安全犯罪案件。
這一段話引起香港法律界的熱議，認為會損害香港的司法獨立，破壞香港的司法制度。其實，只要仔細研讀一下基本法、香港本地法律，以及人大法工委的草案說明，就可以清楚明白，「港區國安法」的這一項規定，與基本法和香港本地的司法體系過往的做法，並沒有衝突，更加不會損害香港的司法獨立。而郭榮鏗所說的現時沒有一條法例容許特首決定和委任法官審理某一類案件，並非事實。
基本法第四章設計的香港的政治體制，行政長官的地位超然。基本法第43規定，行政長官是香港特別行政區的首長，代表香港特別行政區。第88條規定，香港特別行政區的法官，根據當地法官和法律界及其他方面知名人士組成的獨立委員會推薦，由行政長官任命。
根據這兩條的規定可以看出，香港並非某些人心目中所認為的「三權分立」制度，行政長官也不僅僅是行政機關的首長，而是整個香港特區的首長，行政長官任命法官，依法指定某些合資格法官審理危害國家安全的案件，符合基本法的制度設計，也符合香港特別行政區負有維護國家安全的憲制責任，應當履行維護國家安全的職責的有關規定。
其次，香港本地法律中亦有這樣的安排。《截取通訊及監察條例》第6(1)條規定：行政長官須按終審法院首席法官的建議，為本條例的目的委任3名至6名合資格法官為小組法官。由此反映出，行政長官有權委任特別法庭的法官。
法工委的草案說明中，寫的是行政長官應從符合資格的法官中指定若干法官，負責國安案件，但由於法律條文未出，現時仍未知道行政長官指定若干法官的程序為何，郭榮鏗又憑甚麼可以斷定有關規定破壞司法獨立，以及令司法機關不能獨立處理案件？指定若干法官負責處理國安案件，並不等同於就某一具體案件指定某一位特定的法官。行政長官指定法官，亦不代表不須經過法定的程序，隨意指定。郭榮鏗的判斷太過武斷。
至於司法獨立的問題，司法獨立是指法官在審理案件時不受任何干涉，依照法律和事實作出審判。「港區國安法」草案說明清楚寫明，行政長官是指定若干合資格的法官，並沒有允許行政長官干涉法官斷案，而法官在處理具體案件時，仍然會依照專業的操守，依法審判，因此，沒有理由相信這會影響到司法獨立。
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